O Programa de Pós-Graduação em Economia conta com os cursos de Mestrado em Economia e Doutorado em Desenvolvimento Econômico, Território e Meio-Ambiente, ambos da área de Economia segundo a classificação da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES. O programa tem como objetivo formar pesquisadores de alto nível na região amazônica, voltados para o estudo das ciências sociais e das especificidades regionais dentro do debate global sobre desenvolvimento econômico. O Programa tem sua área de concentração em Desenvolvimento Econômico Regional, apresentando 4 (quatro) linhas de pesquisa: 1) Economia, Sociedade e Meio Ambiente; 2) Dinâmica Agrária e Desenvolvimento Sustentável; 3) Desenvolvimento Regional e Urbano; e 4) Macroeconomia e Desenvolvimento.
Pela última avaliação da CAPES para o período de 2017 a 2020, o programa alcançou a nota 5 (cinco).